坐落于卫城东南山脚下。2004年11月开工建设，2009年竣工，总耗资1.3亿欧元。博物馆展览面积达2万平方米，展出约4000件藏品，主要为卫城及其周边地区的考古发现和文物。

上世纪80年代，希腊政府正式要求英国归还19世纪被时任英国驻奥斯曼帝国大使埃尔金勋爵从雅典卫城掠夺、自1816年起由大英博物馆保存的大理石嵌板浮雕和雕像，但英方一直以原卫城博物馆不具备保存和展览这批珍贵文物的条件为由拒绝归还。随着新文物不断出土和追逃“埃尔加大理石”工作的展开，希腊政府决心修建新博物馆，并在新馆中为这些追讨的文物预留了位置。后大英博物馆曾提议把这批雕塑租借给希腊3个月唤去希方对大英博物馆雕塑所有权的承认，希腊政府断然拒绝。

博物馆由瑞士裔建筑师茨楚米与希腊本地设计师扶提阿蒂斯合作设计。外观由若干三角形和长方形的建筑立面组成，主要有玻璃和混凝土建成，巧妙地结合了古老和现代化元素。在博物馆顶层，可透过玻璃幕墙遥望300多米外的卫城本身，感受历史与现实的交融。博物馆于2009年6月20日正式开放。